沙眼病原体进入眼睛以后，在结膜及角膜上皮细胞生长繁殖。因为产生结膜炎而使结膜充血、且有分泌物，角膜上皮细胞侵蚀而会怕光、流泪；偶尔眼睑会有水肿的现象。
以特殊仪器或放大镜检查，可以发现结膜有滤泡或乳嘴增殖肥厚，角膜上皮细胞发炎并可见到新生血管。
结膜瘢痕化的结果引起诸多并发症，如：眼睑内翻、睫毛乱生、睫毛倒插、角膜混浊、睑球结膜粘连、泪囊炎、干眼症等等，导致视力减退甚或失明。早期沙眼的诊断并不容易。需要借助特殊仪器及多年临床经验才能正确的诊断。
